Nas notas de corretagem, não vem descrito se o IR retido é de operação de Bovespa, BMF ou FII. Por conta disso, o sistema lança tudo como bolsa. Se o usuário opera em bolsa e FII, os IRRF's serão abatidos das operações em bolsa e como os valores dos DARFs são fundidos, todos os IRRF's são descontados.
No caso de quem só opera FII, o IRRF continua sendo lançado no sistema em Bovespa (a não ser que a nota seja importada via PDF e contenha somente FII's, o sistema lançará a retenção nos fundos corretamente). Então o usuário pode pagar o valor total do DARF (sem descontos) e depois pedir a restituição dos IRRF's que não foram abatidos na Declaração de IR anual.
Outra saída, é o usuário somar todas as retenções na fonte dos FII (caso ele consiga identificar), apagar o que foi lançado no sistema e fazer um lançamento único registrando o IRRF somado dessas operações.
Exemplo: O somatório de todos os IRRF's de FII de um mês foi de R$4,00. Basta acessar a conta e ir em: Administração > IR Retido. Selecionar os IRRF's de FII que foram lançados e apagá-los. Depois, é só fazer um lançamento único (no ícone novo) informando que a retenção foi de FII (com o valor somado) e salvar.