O custo utilizado deverá ser o valor de avaliação do inventário ou arrolamento.
Veja o que diz a legislação vigente(IN 1.585 de 2015):
Art. 58. Nos mercados à vista, o ganho líquido será constituído pela diferença positiva entre o valor de alienação do ativo e o seu custo de aquisição, calculado pela média ponderada dos custos unitários.
§ 3º Na ausência do valor pago pelo ativo, o seu custo de aquisição será:
I - no inventário ou arrolamento, o valor da avaliação.