A legislação manda juntar todas as operações para apurar o custo médio das ações, independentemente da corretora onde foram adquiridas. É assim que a Mycapital faz. Para efeito legal, não importa com quantas corretoras você opera e sim a quantidade de ações adquiridas e o valor total de custo.

Por exemplo: 

Você adquiriu 500 PETR4 na corretora AAAA a um custo unitário de R$ 20,00 totalizando R$ 10.000,00. No mês seguinte, você adquiriu 1.000 ações PETR4 na corretora BBBB a um custo unitário de R$ 22,50 totalizando R$ 22.500,00. 

Após a realização dessas duas operações a sua posição em PETR4 para fins fiscais será de:

1500 ações 
Custo total: R$ 32.500,00
Custo médio: R$ 21,66

O Imposto de Renda é calculado sobre os resultados das ações sem levar em conta onde foram vendidas ou compradas. A única forma de separar as carteiras é se em uma corretora você trabalhasse com o seu CPF e na outra, com o CPF de um dependente por exemplo). Se for o mesmo CPF nas duas corretoras é preciso juntar tudo para apurar o IR.